Η λατρεία των θεών διαπερνούσε κάθε πτυχή της καθημερινής ζωής των ανθρώπων. Την ασκούσαν δημόσια, στα ιερά, αλλά και στα σπίτια, σε κατάλληλα διαμορφωμένους χώρους στο εσωτερικό ή στις αυλές τους. Η Αθηνά, η Άρτεμη, ο Διόνυσος, ο Απόλλωνας, ο Ερμής, ο Ασκληπιός, η Υγεία, η Αφροδίτη και ο Έρωτας, ήταν μεταξύ των θεών του ελληνικού πανθέου που λατρεύτηκαν στην περιοχή της ανασκαφής.

Οι Έλληνες ήταν ανέκαθεν ανοιχτοί στις ξένες λατρείες, ιδίως σε αυτές που προέρχονταν από την Ανατολή. Μικρασιατικές θεότητες, όπως η Κυβέλη και η Εκάτη, εμφανίστηκαν από νωρίς στην ελληνική λαϊκή θρησκεία. Αργότερα, στους ελληνορωμαϊκούς χρόνους, γνώρισαν μεγάλη απήχηση οι ανατολικές και αιγυπτιακές μυστηριακές λατρείες που υπόσχονταν ευημερία, λύτρωση και μεταθανάτια ζωή.

Μέσα στον χώρο κατοικίας τους οι άνθρωποι δημιούργησαν μία πιο προσωπική σχέση με το θείο. Με θυσίες και προσφορές απευθύνονταν στους οικιακούς θεούς για προστασία και συμπαράσταση, με αποτροπαϊκά αντικείμενα απομάκρυναν την κακοδαιμονία, με φυλαχτά εξόρκιζαν τον φθόνο και το κακό μάτι, με τις τελετουργίες των εγκαινίων εξευμένιζαν τις χθόνιες δυνάμεις κατά τη θεμελίωση ή ανακαίνιση των σπιτιών και των εργαστηρίων τους.

Με την πάροδο του χρόνου, η αποδυνάμωση της παλιάς θρησκείας έδωσε τη δυνατότητα στην νέα θρησκευτική πρόταση από την Ανατολή, τον χριστιανισμό, να την υποσκελίσει. Η διάδοση, ωστόσο, της νέας θρησκείας συνάντησε σοβαρές αντιστάσεις σε πόλεις με ισχυρή «εθνική» παράδοση όπως η Αθήνα, η οποία παρέμεινε παγανιστική μέχρι και την ύστερη αρχαιότητα.